호기심이 왕성하고 신기한 것을 좋아하는 아사히나 미라이는, 중학교 2학년이 되던 해 봄 방학에 마법사인 소녀 리코와 만났다. 기적과 마법에 이끌려 리코와 함께 전설의 마법사 '프리큐어'로 변신! 미라이가 소중하게 여기는 곰 인형인 모후룬를 비롯해, 링클 스톤에서 태어나는 정령 하짱과도 손을 잡고 마법계와 비마법계라는 두 세계에 다가온 혼돈을 물리쳤다. 하지만 그것은 모두와의 이별을 동반하는 일이기도 했다. 수년 후 기적적인 재회를 이룬 미라이와 리코는, 각자의 세계에서 각자의 미래를 향해 걸어 나가기 시작했다. 미라이는 비마법계에서 대학생으로. 마법계로 돌아온 리코는 마법 학교의 선생님으로. 모후룬은 변함없이 미라이의 곁에. 그리고 하짱은 먼 곳에서 세계를 지켜보는 존재가... 하지만 그런 가운데, 마법계와 비마법계에 새로운 재앙이 나타났는데? 새로운 재앙의 징조를 계기로, 몇 개월만의 재회를 이룬 미라이와 리코. 정체불명의 적을 물리치는 한편, 두 사람은 자신의 과거 그리고 미래와 마주하게 되었다. '큐어 업 라파파!' 마법의 주문으로, 두근거리는 이야기가 다시 한번 움직이기 시작한다!