Misteriose rane aliene provenienti dalla galassia Gama stanno per invadere il pianeta Terra (Pekopon), ma il plotone Grandi Manovre - Divisione Invasioni Spaziali si disperde prima di ideare un piano. Il Sergente Keroro finisce nella casa della famiglia Hinata composta da mamma Aki che scrive fumetti, dalla figlia tredicenne Natsumi e dal figlio dodicenne Fuyuki. I ragazzi scovano l'alieno, lo catturano e gli sequestrano la Kerosfera, un'arma di cui ancora non sanno moltoAll'inizio Keroro si dimostra ostile ma, quando scopre che i suoi superiori si sono ritirati sul solo pianeta (Keron) e lo hanno abbandonato sulla Terra, decide di accettare l'ospitalità di Aki, che lo accoglie in un sottoscala stregato e l'amicizia di Fuyuki. Natsumi, invece, non è contenta della novità, ma pensa che potrà sfruttare l'alieno per i lavori domestici.